A Secretaria de Estado Extraordinária da Igualdade Racial foi criada em 2007 pelo governador Jackson Lago, através do Decreto nº 22.900 de 2 de janeiro de 2007, regulamentando o artigo 70 da Lei nº 8.559/2006 (Reorganização Administrativa do Estado), tendo como missão articular, coordenar e monitorar a implementação da política de promoção da igualdade racial e ações afirmativas, combatendo o racismo e manifestações correlatas para garantia de direitos da população negra e dos povos e comunidades tradicionais.

A criação da SEIR, antes vinculada à Casa Civil, para além de atender a uma antiga reivindicação do movimento negro maranhense e de outros grupos sociais afetados por discriminação racial e outros meios de intolerância, demonstra o reconhecimento do Governo do Estado da necessidade de efetivar políticas para o enfrentamento das desigualdades de origem étnica, para a efetivação dos processos que promovam a igualdade racial e, consequentemente contribui para o avanço do desenvolvimento social, econômico e cultural do Maranhão.

Em 2015, a SEIR passa a ser vinculada à Secretaria de Estado dos Direitos Humanos e Participação Popular, através da Medida Provisória nº 184/2015 (art. 62, § 3º).

Nesse novo contexto político, a SEIR tem a missão de articular, coordenar e monitorar a implementação da política de promoção da igualdade racial e ações afirmativas, combatendo o racismo e manifestações correlatas para garantia de direitos da população negra  e dos povos e comunidades tradicionais.